劳动合同只有一份在公司手里合法吗

不合法。根据《中华人民共和国劳动合同法》规定，劳动合同应由用人单位和劳动者各执一份。如果公司未将劳动合同交付给劳动者，劳动行政部门将责令其改正，并可能要求其承担由此造成的赔偿责任。因此，仅公司保留劳动合同是不合法的。
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不合法。处理此问题，首先应与公司沟通，要求提供劳动合同副本；若公司不配合，可向劳动行政部门投诉，并提交相关证据；在等待处理期间，建议保存与公司沟通的记录和劳动合同缺失对自己造成影响的证据，以备后续可能的法律诉讼。
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常见处理方式包括：与公司沟通要求提供劳动合同副本，或向劳动行政部门投诉。选择方式时，可先尝试与公司友好协商，若无果再考虑法律途径。